原告長庚大學聲明求為判決：確認專利「用於將上皮幹細胞展開在羊膜上的方法以及所得之移植物」(下稱系爭專利)、專利申請權及專利權，屬原告單獨所有。並主張：(一)系爭專利為被告職務上所完成發明。(二)從經驗法則可得之，系爭專利的發明人，不可能獨力負擔經費、獨力取得設備、獨力取得羊膜等，系爭發明必然是使用原告之資源而產生，殊不可能是「非職務上的發明」，原告主張被告須就其主張「非職務上之發明」負舉證責任。(三)財團法人長庚紀念醫院（下稱長庚醫院）係與原告合作之教學醫院，原告之師生利用長庚醫院作為教學研究之資源。而被告為原告職員，其利用長庚醫院之資源，性質上亦屬利用原告資源。被告於任職原告期間，使用原告資源，於職務上所完成之成果，進而申請系爭專利1。
被告乙聲明求為判決：駁回原告之訴。並抗辯：(一)系爭舉發審定書經訴願決定撤銷，故系爭舉發審定書應自始視為不存在而欠缺證據能力。(二)本件應由原告就「原告為專利權人、專利申請權人」負舉證責任，惟原告就被告是否利用原告之教學時間及資源、經費、設備完成是項發明專利，未見原告舉證說明 (三)長庚醫院與原告分別為二不同之法人主體，原告未提及雙方在教學或研究上彼此之間的合作模式、關係、範圍與方式，無法舉證被告是否運用原告資源及教學時間完成系爭專利。(四)被告分別與原告、長庚醫院有不同之約聘關係。因被告任職於長庚醫院期間，均是主治醫師之身分，故被告與長庚醫院間，並不具備雇主與員工之關係2 。
原告無法證明兩造間成立僱傭關係，及被告於大學任職期間中因其職務之工作完成系爭專利之發明，故系爭專利不為被告職務上之發明3 。
1 智慧財產法院民事判決98年度民專訴字第153號，事實及理由一。
2 智慧財產法院民事判決98年度民專訴字第153號，事實及理由二。
3 智慧財產法院民事判決98年度民專訴字第153號，事實及理由四-(六)。